Sementara ranah Kemendikbud adalah memberikan sanksi kepada sekolah terkait bantuan operasional sekolah (BOS) dan bantuan pemerintah lainnya. Mendikbud mengatakan, Kemendikbud mengambil posisi yang sangat tegas jika terdapat pelanggaran dari ketentuan yang diputuskan dalam SKB tersebut.
“Kemendikbud siap menggunakan berbagai macam instrumen termasuk evaluasi ulang terhadap pemberian dana BOS maupun dana bantuan pemerintah lain. Jadi posisi Kemendikbud sangat jelas dan tegas bahwa ada konsekuensinya kalau tidak menghargai kemerdekaan untuk bisa menjalankan keyakinannya masing-masing sebagai individu, baik guru maupun murid,” katanya.**"